Программы Союзного государства - это целый комплекс совместных мероприятий по укреплению безопасности, решению крупных социально-экономических задач государств - участников Договора о создании Союзного государства. Сюда входит проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских, технологических, производственных, организационно-хозяйственных и других работ, увязанных по исполнителям, ресурсам и срокам их осуществления. Финансирование данных мероприятий происходит из бюджета Союзного государства, который формируется на основе ежегодных взносов России и Республики Беларусь. Всего за прошедшее время уже было реализовано более 80 программ, которые охватывают такие сферы, как промышленность, космос, здравоохранение, агропромышленный комплекс, гуманитарные вопросы и многое другое. Помимо данных программ есть еще другие механизмы, например, различные проекты и мероприятия, которые также финансируются из бюджета Союзного государства.
Программы Союзного государства отличаются от 28 союзных отраслевых программ, которые были приняты 4 ноября 2021 года на заседании Высшего Государственного Совета Союзного государства (ВГС СГ). Целью отраслевых союзных программ является сближение и гармонизация в макроэкономической, денежно-кредитной, промышленной и аграрной политике, в налоговом законодательстве. Они направлены на формирование единого транспортного рынка и единых правил конкуренции, на обеспечение равных прав потребителей и другое. Финансирование 28 отраслевых программ происходит не из бюджета Союзного государства, а из национальных бюджетов России и Беларуси, в рамках кооперационного взаимодействия двух стран. Реализация 28 союзных программ признана успешной. В январе 2024 года на заседании ВГС СГ был принят новый пакет союзных программ на очередной трехлетний период 2024-2026 годов. Документ ориентирован на практическую работу на основе уже созданной в предыдущий период нормативной базы.